اپیتاکسی پرتو مولکولی در خلاء بالا یا خلاء فوق بالا (1 x 10-1) انجام شد.^-8محیط (Pa). مهمترین جنبه اپیتاکسی پرتو مولکولی، نرخ رسوب پایین آن است که معمولاً به فیلم اجازه می‌دهد با نرخی کمتر از 3000 نانومتر در ساعت رشد اپیتاکسی داشته باشد. چنین نرخ رسوب پایینی نیاز به خلاء به اندازه کافی بالا دارد تا به همان سطح تمیزی مانند سایر روش‌های رسوب‌گذاری دست یابد.

برای دستیابی به خلاء فوق العاده بالا که در بالا توضیح داده شد، دستگاه MBE (سلول نادسن) دارای یک لایه خنک کننده است و محیط خلاء فوق العاده بالای محفظه رشد باید با استفاده از یک سیستم گردش نیتروژن مایع حفظ شود. نیتروژن مایع دمای داخلی دستگاه را تا 77 کلوین (-196 درجه سانتیگراد) خنک می‌کند. محیط با دمای پایین می‌تواند محتوای ناخالصی‌ها را در خلاء بیشتر کاهش دهد و شرایط بهتری را برای رسوب لایه‌های نازک فراهم کند. بنابراین، یک سیستم گردش خنک کننده نیتروژن مایع اختصاصی برای تجهیزات MBE مورد نیاز است تا تأمین مداوم و پایدار نیتروژن مایع -196 درجه سانتیگراد را فراهم کند.